هرچند اسپانیایی و پرتغالی زبان‌های ضروری برای ایجاد ارتباط فردی، و روابط اجتماعی، اقتصادی و سیاسی در آمریکای لاتین به حساب می‌آیند، نباید اهمیت زبان‌های بومی رایج در این منطقه را اندک شمرد.

حضور بیش از پانصد ساله زبان‌های اسپانیایی و پرتغالی در منطقه آمریکای لاتین موجب شده است که این زبان‌ها و زبان‌های بومی با هم آمیخته شوند، از هم وام بگیرند و بر هم تاثیر و تاثر داشته باشند.

زبان­های بومی دارایی فکری، فرهنگی، تاریخی و منحصر به فرد بومیان هستند. گاهی در خطر نابود شدن و از میان رفتن قرار گرفته اند و گاه سیاست‌هایی برای تقویت و حفظ آنها اتخاذ شده ‌است. از زبان‌های بومی و اصیل آمریکای لاتین می‌توان از گوآرانی، آیمارا، کِچوآ، ناهواتل و مایا نام برد.

تعیین تعداد گویشوران این زبان‌ها دشوار و داده‌ها از منبعی به منبع دیگر متفاوت است. با این حال، در ادامه به داده‌هایی از این زبان‌ها مطابق با آمار موسسه تحقیقات و توسعه فرهنگ اسپانیا می‌پردازیم.

• کچوآ: خانواده­ای از زبان­های بومی آند مرکزی است که در بخش غربی آمریکای جنوبی گسترش یافته و بیش از 10 میلیون نفر گویشور دارد. از لحاظ سرزمینی، این زبان در کشورهای بولیوی، پرو، اکوادور، آرژانتین، کلمبیا و شیلی صحبت می‌شود.
• گوآرانی: با تقریباً 8 میلیون نفر گویشور که عمدتاً در پاراگوئه، برزیل، بولیوی و آرژانتین به سر می‌برند، یکی دیگر از پرکاربردترین زبان‌های بومی منطقه آمریکای لاتین است. گوآرانی در سواحل رودخانه‌های پارانا و ال‌چاکو زیاد به گوش می‌خورد.
• آیمارا: زبان 1.5 میلیون نفر از مردمان بومی آمریکا در منطقه آند محدوده دریاچه تیتیکاکا است. گویشوران آیمارا غرب بولیوی، جنوب پرو، شمال شیلی و شمال آرژانتین را برای سکونت انتخاب کرده‌اند.
• ناهواتل: یک زبان آزتک است که عمدتاً توسط ناهواها در مکزیک و آمریکای مرکزی صحبت می‌شود. این زبان تقریباً از قرن هفتم به وجود آمده است. 1.4 میلیون سخنور در مکزیک برای این زبان ثبت شده است. حیطه حضور این زبان از شمال مکزیک تا آمریکای مرکزی است.
• زبان‌های مایایی: انواع مختلفی دارند. همگی زبان‌های بومی آمریکایی هستند که ریشه آن‎ها به تمدن مایا باز می‌گردد. این زبان‌ها عمدتاً در شبه جزیره یوکاتان، کامپچه و کوئینتانارو و همچنین به میزان کمتری در بلیز و شمال گواتمالا صحبت می‌شوند. جمعیت گویشوران زبان‌های مایایی حدود 6 میلیون نفر تخمین زده شده است.
• ماپوچه: ماپوچهیا ماپودونگون که به معنای «صحبت کردن از سرزمین» بوده، زبان قوم ماپوچه است؛ مردمی بومی که ساکن شیلی و آرژانتین هستند. این زبان در حال حاضر بالغ بر 200 هزار گویشور دارد.